Препараты горца птичьего применяют при мочекаменной болезни (в качестве средства, способствующего отхождению мелких конкрементов), при хронических заболеваниях мочевыводящих путей, ослаблении фильтрационной функции почечных клубочков и появлении в моче большого количества минеральных солей, особенно солей щавелевой кислоты.
Трава растения эффективна при гастроэнтеритах, диарее различной этиологии, при повышенной проницаемости стенок сосудов и незначительных кровотечениях из поврежденных сосудов слизистых оболочек желудочно-кишечного тракта, при маточных кровотечениях в послеродовом периоде и после аборта, при геморроидальных кровотечениях. В дерматологии растение применяют при аллергических заболеваниях кожи (экзема, атопический дерматит, угри, фурункулы и др.), псориазе, дерматомиозите, васкулитах, врожденном эпидермолизе и др.